Le FC Saint-Jean Missé est né de la fusion entre deux clubs déjà existants: l'US Missé et l'AS Saint-Jean.

  L'US Missé a été fondée en 1972 sous l'impulsion de Jean-Claude Bourgeault qui a été Secrétaire pendant les 23 ans et de Marcel Bouton qui fut le premier Président. Au bout de trois ans, c'est Guy Bodin qui lui a succédé et qui fut à la tête du club jusqu'en 1992. Jacques Bichon a été Trésorier de 1972 à 1983, date de son élection comme Maire de Missé. Jean-Pierre Clerc puis Guy Eyrolle lui ont succédé.

  L'AS Saint-Jean fut créée en 1981 par Jean-Michel Bernard qui fut le premier Président, Gaétan Gonnord (Vice-Président) et Henri Plancque qui fut secrétaire avant de devenir Président quelques années plus tard. Au moment de la fusion, Roland Talon était Président, Gérard Bichon Vice-Président, Michel Martineau Secrétaire et Gérard Renault Trésorier.

  Le FC Saint-Jean Missé fut créé officiellement le 21 mai 1993 et enregistré à la Sous-Préfecture de Bressuire, ce qui lui fait quinze ans d'existence.

  Le premier bureau du nouveau club était constitué ainsi: Président: Roland Talon; Vice-Présidents: Guy Dahai et Gérard Bichon; Secrétaire: Jean-Claude Bourgeault, adjoint: Michel Martineau; Trésorier: Gérard Renault, adjoint: Thierry Gourdineau. Plusieurs Présidents se sont succédés: Roland Talon de juin 93 à juin 94, Gaétan Gonnord de juin 94 à juin 95, Jean-Claude Bourgeault de juin 95 à juin 2004, Jean-Michel Clisson de juin 2004 à juin 2007 et Eric Tonnoir le Président actuel. Les différents Secrétaires ont été Jean-Claude Bourgeault, Stéphane Baron Christian Barbot, puis Béatrice Jagueneau actuellement. Gérard Renault qui était déjà Trésorier avant la fusion, exerce toujours ce poste aujourd'hui, avec Joël Merceron comme adjoint et futur successeur.

  Six entraîneurs ont dirigé les équipes seniors depuis quinze ans: Jean-François Baudin de juillet 93 à juin 96, Christian Bernier de juillet 96 à juin 98 avec une montée en D4 (2° division à l'époque), Jacky Grellier en 98-99, Freddy Pavy de juillet 99 à juin 2005 avec une montée en D3 (ex-promotion de 1°), Antoine Bire en 2005-2006 et Yannick Moreau depuis juillet 2006 qui repart pour une troisième année. Après un quart de finale de Coupe Saboureau en avril 1998, le FC Saint-Jean Missé s'est souvent distingué dans les Coupes, sans parvenir à décrocher une finale. Il a échoué de nouveau en quart de finale en juin 2001, puis en demi-finale contre St-Florent en mai 2002, ceci en Coupe Saboureau. En 2003, le FC Saint-Jean Missé est allé en huitième de la Coupe des Deux-Sèvres. Les plus beaux exploits sportifs ont été obtenus à l'automne 2003. En effet, après avoir battu Civray (PL) au 5° tour, le club est tombé au 6° tour de la Coupe du Centre-Ouest en novembre contre un autre club régional, Loudun (PL).

  Le club possède deux terrains, celui de Missé dont la pelouse a été agrandie en 1980. Deux vestiaires supplémentaires ont été construits en 1987, et en 2004, les vieux locaux en bois ont été remplacés par un ensemble plus fonctionnel. à St-Jean, le préau a été fermé en 2003 et un projet de nouveaux vestiaires est en cours.